Простите....а как запустить?
ИЗВИНЯЮСЬ, я не совсем помню. Когда-то, некоторое время назад, юзал, но забыл. Возможно я ОШИБАЮСЬ, и эта штука сканит систему СРАЗУ. Глянь, что написано при запуске. "Установить" или "Проверить".
А что там со вторым винтом? Может все-таки отключить временно первый, вкинуть на него систему и антивирь, затем подрубить его и просканить (как рекомендовали выше)?
Поддерживаю Veda: в винде, кроме браузера в сеть лучше ничего не пускать без необходимости.