Хочу обратить внимание на фразу автора темы:
Программа установки никогда при форматировании не оценивает есть ли на разделе нужные ей файлы. Поэтому, мне думается, что мы все говорим о разных вещах и нужно, как сказал KelWin:Отформатировать проблемный раздел не получилось ни "из под второй системы", ни с помощью программы установки. Программа установки сказала, что там какие-то нужные ей файлы хранятся.
т. е. нужно начать сначала и подробно по пунктам пройтись еще раз...Давай еще раз по пунктам, сколько разделов и какой из них какой (Primary, Secondary), где какая система стоит. И уточни, вторую систему ты ставила загружаясь с СD, или из под первой системы...