Винт нужно разбить минимум на две партиции - по одной на каждую ОСь (пока не буду говорить ка это делать, ибо не ясно, нужно ли
). После этого отформатировать их, каждую в свою файловую систему. В принципе, все. На счет проблем. Нужно решить, где хранить данные, так как nix не понимает Win разделы и наоборот (по крайней мере, без дополнительного гемороя). Плюс еще лучше сразу обзаботиться о том, как будут эти ОСи грузиться - есть специальный софт, который позволяет держать на компе несколько ОСей и не беспокоиться о загрузчике.