Когда вы смотрите на файлы, где бы они не были записаны (жесткий диск, болванка, внешние накопители), вы смотрите на них в том порядке, в каком они упорядочены вашим файловым менеджером (что в свою очередь определяется файловой системой и способами работы с ней вашей ОС). Стандартными вариантами упорядочивания являются упорядочивание по имени, типу, дате-времени файла. Если вам нужна иная сортировка - ищите файловые менеджеры, которые оную поддерживают, либо делайте файлы такими, чтобы они вписывались в стандартные способы упорядочивания, например, добавляя в их начало числа. А так, следуя вашей логике, можно начать возмущаться, что ваш файл был записан не в ту дорожку на жестком диске, в которую вам хотелось.
P.S. Только после создания поста стал смутно догадываться, что может речь идет не просто о записи диска а о записи звуковых дорожек ... Если это так, то сути вышесказанного это не меняет, и, действительно, просто файлы нужно заранее на диске или перед записью в самом проекте пронумеровать в нужном порядке. К тому же, Nero показывает у какого файла какая звуковая дорожка будет.