Если универсальное, то phpMyAdmin.
Впрочем сталкивался с программой, которой скармливаешь базу в MySQL, а она генерирует php скрипт для работы с таблицами (добавление, изменение, удаление записей). Возможность правки структуры таблиц при этом не предусматривалась. Название программы не помню, пол года назад сталкивался. Меня она не устроила тем , что встраивать сгенерированные ей скрипты в свои сайты не удобно.
