На одной и той же системе с WinXP пробовал ставить Fat32 и потом NTFS. С Fat32 комп видимо работал быстрее, но Fat32 не может работать с файлами с размером больше 2GB. Когда получается сбой питания например иногда файловая система разрушается и система может и не потянуть больше.
Предимство при том является NTFS, у ней нет ограничения в размер файла, и держится более хорошо при перебое. Так что на немногое замедление можно рукой махнуть.
На NTFS можеш ставить только WinNT, Win2000, XP и 2003. DOS и Win95/98/Me немогут работать.
Есть разница в NTFS под WinNT и под Win2000/XP/2003, NT не видит новых видов NTFS.